Pewarisan pada tahun 2001

Pewarisan Arroyo kepada jawatan presiden pada Januari 2001 menyatukan penentangan politik terhadap Presiden Joseph Estrada yang baru digulingkan atas tuduhan-tuduhan rasuah. Meskipun terdapat sokongan rakyat serta pengakuan mandat Arroyo oleh Mahkamah Agung, Estrada dan ahli-ahli parti pembangkang yang lain masih mempersoalkan kesahan Arroyo sebagai presiden. Beribu-ribu pembantah menujui ke istana presiden pada 1 Mei 2001 dan mendesak bahawa Estrada yang telah ditangkap atas tuduhan rampasan dibebaskan dan jawatannya dikembalikan.

Pembantah-pembantah enggan ditenangkan dan keganasan menyusul. Arroyo bertindak dengan penangkapan pembantah-pembantah dan pemimpin-pemimpin politik yang utama. Akhirnya, Arroyo berjaya menghentikan bantahan-bantahan dan bertahan cabaran serius pertama terhadap kerajaannya dalam satu siri cabaran yang berlangsung selama bertahun-tahun. Sokongan terhadap Estrada dan pembangkang-pembangkang Arroyo kemudian merosot selepas kemenangan calon-calon bersekutunya dalam pilihan raya separuh penggal yang diadakan kemudian pada bulan yang sama. Dibebaskan daripada ancaman pembangkang-pembangkang yang kini telah dilemahkan, dan dengan jaminan sokongan daripada kedua-dua dewan Kongres, pentadbiran Arroyo yang baru bermula menghadapi cabarannya yang terbesar, iaitu pembaharuan ekonomi yang susah payah dan kerajaan yang korup.

Sepanjang tempoh kepresidenannya, Arroyo menggariskan visinya untuk negara Filipina sebagai "membina sebuah republik yang kukuh". Agendanya terdiri daripada pembinaan sebuah birokrasi yang kukuh, penurunan kadar jenayah, meningkatkan pemungutan cukai, memperbaik pertumbuhan ekonomi, serta memperhebat usaha untuk menentang terorisme.